בספר טוב אחרית דבר נבחנים התיקונים שעשו בספריהם שלושה מחכמי ימי הביניים – הרי"ף (ר' יצחק אלפסי), ר' צדקיה מרומי ור' הלל בן אליקים – ומידת הצלחתם לעדכן את נוסח ספריהם בכל תפוצות ישראל. על יסוד כלל כתבי היד הידועים של שלושת החיבורים בוחן הספר אילו עותקים משמרים את הנוסח המתוקן ואילו מעתיקים את הנוסח הראשון, שהמחבר עצמו כבר דחה וביקש להחליפו. עוד נדונה השאלה אם הפוסקים שהסתמכו על דברי הרי"ף הכירו את התיקונים שעשה בספרו, או שמא לא ידעו על מקצתם והמשיכו לצטט לפי תומם את נוסחו הראשון של ספר ההלכות, בלי לדעת שהרי"ף חזר בו ושינה את דעתו מן הקצה אל הקצה.
 
הדיון בספרו של ר' צדקיה מרומי, שבלי הלקט, חושף גם הוא תיקונים שעשה בו המחבר. ר' צדקיה תיקן את ספרו בשלב מאוחר מאוד של עבודתו, לאחר שחשב כי כבר השלים את כתיבתו ואף הכין כמה עותקים נקיים שלו, שעדיין מונחים היו על שולחנו. בעותקים אלה, הנחשפים כאן לראשונה, שילב המחבר ברגע האחרון הוספות ומחיקות, ולעתים אף תלש מהם דפים שלמים וגנזם – ולעולם לא נדע מה נכתב בהם ומה הניע אותו להסירם. מרתק במיוחד הוא סיפורו הידוע של ר' צדקיה על שרפת התלמוד בפריז בשנות הארבעים של המאה השלוש-עשרה: מחקר זה מגלה לראשונה כי גם את הסיפור הזה ערך המחבר פעמים אחדות ועשה בו שינויים משמעותיים.